Sur le territoire de la Riviera Française et de la Roya, 6 sites Natura 2000 sont gérés par la Communauté d'Agglomération de la Riviera Française :
Ces sites ont tous été désignés par l’Etat au titre de la directive "Habitats Faune Flore".
Deux autres sites sont en partie situés sur le territoire de la CARF : "Corniches de la Riviera" dont l’opérateur est le Conseil Départemental des Alpes-Maritimes et "Le Mercantour" dont l’animateur est le Parc national du Mercantour. De nombreux sites italiens sont également frontaliers du territoire (au Piémont et en Ligurie).
