L’Union Européenne a choisi d’agir pour la conservation de la biodiversité en s’appuyant sur un réseau cohérent d’espaces désignés pour leur richesse particulière. Ce réseau abrite des habitats naturels et espèces d’intérêt communautaire participant à la richesse biologique du continent européen qu’il a pour objectif de préserver.
Le territoire de la CARF possède une grande richesse en termes de biodiversité et d’intérêt écologique. Pas moins de 622 espèces animales dont 71 protégées et 60 espèces végétales dont 32 protégées y sont recensées par le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN). Il révèle en particulier une forte diversité faunistique sur certaines communes situées :
- dans le Haut-Pays : 316 espèces patrimoniales dont 87 sur la commune de Tende et 81 sur celle de Breil-Sur-Roya ;
- dans le Moyen-Pays : 254 espèces patrimoniales dont 89 sur la commune de Sospel.
Concernant la flore, la commune de Tende se distingue nettement du reste du territoire avec 37 espèces dont 12 protégées recensées.
La présence de nombreuses Zone Naturelle d’Intérêt Ecologique Faunistique et Floristique (7 de type I et 5 de Type II dont 3 marine) et du Parc National du Mercantour atteste de cette richesse exceptionnelle. Le site marin du Cap Martin est également inclus dans le sanctuaire Pelagos.
Cela s’explique par la confluence de plusieurs unités phytogéographiques : le secteur préligure, les Alpes ligures et le Mercantour-Argentera liées à la présence d’influences climatiques méditerranéennes et montagnardes.
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Le secteur préligure est original pour le caractère oriental de sa flore et de sa végétation, avec de nombreuses espèces de répartition sud-est européenne et endémiques. Les Alpes ligures possèdent de nombreux groupements et espèces particulières que l’on ne rencontre pas ailleurs dans les Alpes-Maritimes, essentiellement de l’étage subalpin. Le Mercantour-Argentera est considéré comme un secteur particulier du fait de la haute endémicité de sa flore et des groupements végétaux qu’elle constitue.
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En effet, l’ensemble des sites Natura 2000 se situent en position charnière entre les régions biogéographiques alpine et méditerranéenne avec des altitudes très contrastées. En témoigne, le dénivelé observé depuis le point culminant, la Pointe Marguareis à 2650m d’altitude, jusqu’à des profondeurs inférieures à -100m dans le site marin "Cap Martin". Le relief des sites est donc extrêmement contrasté jusque dans la méditerranée où les Alpes plongent très rapidement. Ainsi, le fleuve Roya et le canyon de la Bendola structurent, avec le chaînon transfrontalier, une grande partie du territoire. Les massifs, cristallin du Mercantour et karstique du Marguareis, offrent des biotopes remarquables pour les habitats et espèces d'intérêt communautaire.
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Les formations les plus remarquables au niveau végétal sont la présence de Bois noir composés d'ostryaies et sapinières, les chênaies, la végétation endémique des falaises, les différentes prairies et pelouses ainsi que les anciennes terrasses de culture des oliviers. Les contrastes entre les ubacs humides et les adrets fortement soumis aux conditions secs favorisent une diversité floristique remarquable connue notamment pour sa richesse en orchidées dans la partie basse de la vallée de la Bendola. Les enjeux sont forts pour les nombreuses espèces de chauves-souris présentent sur les différents sites. Enfin, plusieurs espèces d'insectes, reptiles, amphibiens rares et endémiques sont signalées.
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